Все оружие, которое держали на складах во Врбетице, не могло быть бесследно уничтожено взрывом. Чешские СМИ сообщили, что часть могла уцелеть, однако она, вероятней всего, была похищена.
Издание Mlada fronta Dnes пишет, что после инцидента пропала крупная партия оружия, насчитывающая около тысячи ручных противотанковых гранатометов РПГ-7, 800 автоматов, 500 пулеметов, примерно 100 пистолетов и тысячу единиц других видов вооружения. Владельцы складов заявили, что украденное вооружение могло попасть в руки незаконных торговцев оружием на черном рынке.
В компании-арендаторе Imex Group, которой принадлежали склады, заявили, что у них есть подозреваемые в деле о краже оружия после взрывов. Они полагают, что сделать это могли некоторые сотрудники полиции, когда прибыли на место происшествия. Однако не исключают, что причастными к этому могут быть и обычные воры, сообщает «Общественная служба новостей«.
Владельца фирмы Петера Барнатика-младшего после обвинений во взрывах Петрова и Боширова подозревают в содействии российским спецслужбам. Полагают, что он мог провести сотрудников ГРУ, поскольку склады хорошо охранялись.
После заявления ческой стороны о причастности ко взрывам во Врбетице в 2014 году России разгорелся дипломатический скандал. В середине апреля Прага выслала 18 российских дипломатов, Москва ответила высылкой 20 сотрудников чешского посольства. Позже часть европейских стран присоединились к мерам против России в знак солидарности с Чехией, объявив персонами нон-грата ряд сотрудников дипведомств РФ.